4,000〜3,400 cm⁻¹、2,000〜1,300 cm⁻¹に見られるのは水蒸気（H₂O）の吸収です。環境の変化により水蒸気量が変化し、ノイズのような吸収が見られるようになります。また水蒸気以外にも二酸化炭素（CO₂）の吸収が2,350 cm⁻¹付近と670 cm⁻¹付近に見られることがあります。

バックグラウンド測定を行って、なるべく早くサンプル測定を行うことで、できるだけ水蒸気、二酸化炭素の影響を少なくすることができます。

また乾燥空気や窒素によるパージを行うことで影響を軽減する方法があります。なお、パージを行うには、パージコントロールキット及び窒素ジェネレータ（または乾燥空気供給装置）などの設備が必要です。

その他、ソフトウェアには大気補正機能が搭載されています。大気補正機能により簡単に水蒸気、二酸化炭素の影響を軽減できます。