有限区間のデータに対するフーリエ変換を実施する際、両端のデータが不連続となるための計算上のノイズが発生しやすく、特に高吸光度のピークトップではノイズが見えやすくなります。SqrTriangleなどのアポダイズ関数では両端のデータが0に収束するようになるため、ノイズが発生しにくくなります 。アポダイズ関数を適切なものに変更してください。