連続するサイクルのクロマトグラムの各アミノ酸について、ピークの増減の指標として評価値を計算し、評価値が最大のものをそのサイクルのアミノ酸として推定します。連続するサイクルのクロマトグラムの各アミノ酸の、ピーク高さの比を「r」、差を「D」とすると、評価値は(1)式のように表されます。ここで、「a」は補正係数、「b」は補正係数2に相当します。

また、推定されたアミノ酸が他のアミノ酸に対してどの程度特異的に増加しているかの指標として(2)式で表される信頼度を計算します。値が「100」を超える場合は「100」と表示されます。

「y」は信頼度、「T」は該当サイクル中での評価値の最大値、「M」は該当サイクル中での最大の評価値を除いた評価値の平均、「S」は該当サイクル中での最大の評価値を除いた評価値の標準偏差、「a」は定数を意味します。