ガラス製のボトルからはけい酸イオンやナトリウムイオンなどの溶出が起こるため，「イオンクロマトでは樹脂製のボトルを使う方が適切」とする考え方もあります。しかし，調製した溶液を1～2 日程度で使い切るという前提であれば，それほどの短期間で分析結果に影響が出るほどの溶出が起こることはありません。
したがって，化学実験用として製造・販売されている容器を使う限りにおいては，ガラス製，樹脂製のどちらを使っても特に問題はないものと思われます。ある程度長期間保存する場合についてのみ，褐色の樹脂容器を使うのが適切です。ここで特に「褐色」を指定したのは，光による微生物の繁殖を抑えるためです。
なお，どのような素材の容器を使うにせよ，きちんと洗浄してから使用しましょう。